1 增加适口性、提高家禽的采食量

发酵饲料一般具有特殊的香味，可以增加家禽的采食量。如经过乳酸杆菌发酵的豆粕会散发独特的酸味，经过枯草芽孢杆菌发酵的豆粕具有特殊的醇香；经过产朊假丝酵母菌发酵过的桑果渣具有浓郁的酒香味。禽类由于特殊的生理特点，舌头上的味蕾较少，对味道不是很敏感，但是嗅觉较好。

2 改善营养结构、增强酶的活力

由于微生物的作用，饲料在发酵过程中，大分子的蛋白质被分解成小分子的氨基酸、多肽及氨等物质，改善饲料原本的营养结构，增加动物的消化吸收利用率。马文强等和刘长忠等的研究发现，经过发酵的饲料中粗蛋白质的含量明显增加，并且酶的活性显著增强，脂肪酶的活性提高了4.75%，淀粉酶的活性提高了24.89%。

3 降解饲料中的有毒物质和抗营养因子

豆粕、棉籽粕、菜籽粕等饲料中的抗原蛋白、棉酚、硫甙、芥子酸等毒素以及单宁、植物酸非淀粉多糖等抗营养因子会影响畜禽对营养的利用以及生长和发育，甚至造成畜禽的死亡。研究表明，一些传统的处理方法无法完全的解决这一问题。有研究表明，微生物发酵饲料可以降解这些毒素和抗营养因子，如豆粕中的大豆球蛋白、胰蛋白酶抑制因子以及棉子糖和水苏糖的含量大幅度降低；棉籽粕中的毒素经过4种酵母菌的发酵总脱毒率能够高达97.45%；菜籽粕中的硫苷、单宁和植酸降解率分别高达93.44%、34.86%、18.15%。

4 改善肠道菌群、提高免疫力

微生物发酵饲料可通过其中的酵母菌、乳酸杆菌、芽孢杆菌等益生菌，通过相互抑制动物肠道内的有害菌的异常生长来调节肠道微生物菌群，而且还可通过其代谢产生的抑菌素等物质进行免疫激活，从而刺激肠道免疫器官的生长，激发机体的体液免疫和细胞免疫，增强机体的免疫能力和抗病能力。有研究发现，饲喂发酵饲料可以改善肠道屏障的功能，增强空肠中断和回肠的绒毛高度。