经过发酵的蛋白桑，不仅常年青绿多汁，而且营养成分损失小，储存时间长。蛋白桑发酵主要是利用乳酸菌的厌氧性发酵，使得原料中的糖分分解为乳酸，当乳酸的含量到达一定的含量界限，就能够抑制其它有害微生物的生命活动，乳酸菌自身也受到乳酸的抑制作用。乳酸菌在发酵过程中产生大量的热能，当温度上升到50摄氏度左右时，乳酸菌就会停止发酵，由于蛋白桑饲料中含有大量乳酸、乙酸等物质，因此发酵的青贮蛋白桑可以长期保存。

发酵青贮蛋白桑对空气、温度和水分含量的要求十分严格。首先发酵时要排出空气，避免蛋白桑与氧气接触，因为乳酸菌是厌氧发酵条件繁殖，否则乳酸菌在有氧的条件下不能生长繁殖，导致好氧细菌和霉菌大量繁殖，导致发酵失败，蛋白桑也会腐烂变质；其次是温度要适宜，发酵环境温度要保持在25-35摄氏度之间，这个温度区间十分有利于乳酸菌进行发酵；最后蛋白桑发酵的水分含量要在60%左右，最高不可超过70%，水分过高会导致蛋白桑变质，发酵失败，水分过低则不利于乳酸菌生长繁殖，导致发酵速度变慢甚至发酵失败。

将蛋白桑制粉或制粒，也出现在畜禽养殖过程中，粉状与颗粒状的饲料形式方便存储与运输，带来了极大地便利性。同时，制粉或制粒过程中，可将桑叶桑枝一同加工，提高原料的利用率。草类制粉与制粒的过程中依然需要切碎处理与充分发酵这两个关键的步骤。

青贮原料的特性与青贮的成败、产品的品质以及牲畜的采食量密切相关，蛋白桑采收频率过高会直接影响蛋白桑再生，过低则导致蛋白桑品质下降。刈割的高度为0.7-1.0m为宜，每年收割3-5次，兼顾产量与质量。适当的含水量可以保证蛋白桑饲料的品质优良，常规的蛋白桑青贮水分多为60-70%，条桑的含水量一般在65-80%之间，且春季含水量最高，夏季含水量最低。含水量过高时，可添加麸皮或者玉米粉调节水分含量。