与其他肥料一样，正确的施用微生物肥料才能发挥其肥效。微生物肥料的有效使用条件包括：

1、禁忌与化肥、农药、杀虫剂等的合用、混用。

2、与所使用地区的土壤、环境条件相适宜。微生物菌肥在土壤持水量30%以上、土温度在10～40℃、pH在5.5～8.5的土壤条件下均可施用。但是，不同微生物具不同的生态适应能力，因而微生物肥料在推广使用前，要进行科学的田间试验，以确定其肥效。

3、对温度、水分有一定要求。避免在高温干旱条件使用。在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。应选择阴天或晴天的傍晚使用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。此外，如根瘤菌、菌根菌肥料等对宿主有很强的专一性，使用时应予考虑。